Il corso virtuale "Whole genome sequencing of batterico genomes: tools and applications - Virtual Course - Coursera", è un corso con diversi contenuti e che offre lezioni video di ca. 7 ore per completare. Esplora le sue caratteristiche essenziali e fai clic sul pulsante arancione per ottenere informazioni dettagliate sulla piattaforma di e-learning Coursera
Questo corso tratterà il tema del Whole Genome Sequencing (WGS) dei genomi batterici, che sta diventando sempre più rilevante per il settore medico.
La tecnologia e le applicazioni WGS sono in cima all'agenda politica internazionale poiché i metodi classici vengono sostituiti dalla tecnologia WGS e quindi gli strumenti bioinformatici sono estremamente importanti per consentire alle persone che lavorano in questo settore di analizzare i dati e ottenere risultati che possono essere interpretati.
e viene utilizzato per scopi diversi.
Il corso fornirà agli studenti le basi per comprendere e acquisire familiarità con le applicazioni WGS nella sorveglianza batterica, compresa l'identificazione delle specie, la tipizzazione e la caratterizzazione della resistenza antimicrobica e dei tratti di virulenza, nonché la caratterizzazione dei plasmidi.
Darà inoltre agli studenti l'opportunità di conoscere gli strumenti online e ciò per cui possono essere utilizzati attraverso dimostrazioni su come utilizzare alcuni di questi strumenti ed esercizi che gli studenti possono risolvere utilizzando strumenti di analisi WGS disponibili gratuitamente.
Al termine di questo corso, dovresti essere in grado di: 1.
Descrivere i principi generali nella tipizzazione dei batteri 2.
Fornire esempi delle applicazioni del sequenziamento dell'intero genoma per la sorveglianza dei patogeni batterici e della resistenza antimicrobica 3.
Applicare strumenti genomici per la sottotipizzazione e la sorveglianza 4.
Definire il concetto di sequenziamento di nuova generazione e descrivere i dati di sequenziamento NGS 5.
Descrivi come eseguire un assembly de novo da letture grezze a contigs 6.
Elencare i metodi alla base degli strumenti per l'identificazione delle specie, la tipizzazione MLST e il rilevamento del gene di resistenza 7.
Applicare gli strumenti per l'identificazione delle specie, la tipizzazione MLST e il rilevamento dei geni di resistenza in casi reali di altri genomi batterici e patogeni.
8.
Descrivere i metodi alla base degli strumenti di tipizzazione per Salmonella ed E.
coli, rilevamento del replicone plasmidico e tipizzazione plasmidica 9.
Usa gli strumenti per digitare Salmonella ed E.
coli, rilevamento del replicone plasmidico e tipizzazione del plasmide in casi reali da altri genomi batterici e patogeni.
10
Spiegare il concetto ed essere in grado di utilizzare la pipeline di analisi batterica integrata per l'analisi batch e la tipizzazione dei dati genomici 11.
Dimostrare come costruire un albero filogenetico basato su SNP 12.
Applicare lo strumento filogenetico per costruire alberi filogenetici e spiegare la relazione tra batteri o ceppi patogeni 13.
Descrivi come creare il tuo database di sequenze 14.
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Università tecnica della Danimarca (DTU)
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